Kestelboim se recibió de abogado en la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales de la UBA en 1962 y desde entonces ejerció diversos cargos en organismos públicos y universidades. No solo fue Decano normalizador de esta Facultad en 1974 — durante el último gobierno de Juan Domingo Perón— sino que también ejerció como profesor en la Facultad de Filosofía y Letras de la UBA, en la Universidad Autónoma de México, en la Universidad Nacional de Quilmes —en la que incluso fue Consejero Superior— y en la de La Matanza —en la que llegó a desempeñarse como Decano—.
A fines de la década del 60, trabajó como asesor jurídico de la Asociación Gremial de Empleados de la Dirección General Impositiva de la Nación. Luego, en 1971, constituyó la Asociación Gremial de Abogados (AGA), entidad desde la que asumió la defensa de los presos políticos, junto con Eduardo Luis Duhalde, Esteban Righi, Pedro Galín, Mario Landaburu y Alicia Pierini, entre otros y otras. También fue parte de la Agrupación de Abogados Peronistas. Debió exiliarse en México en mayo de 1976, a comienzos de la última dictadura cívico militar y recién regresó a la Argentina en 1984. Fue uno de los principales referentes de la agrupación Justicia Legítima, creada en 2013.
Entre otros cargos, se desempeñó como apoderado de la provincia de Santiago del Estero, apoderado del Banco de esta misma provincia, asesor en el Senado de la Nación, interventor en la liquidación de TELAM SAIyP, asesor en la Legislatura de la CABA y representante del Poder Legislativo en el Consejo Académico del Centro de Formación Judicial del Consejo de la Magistratura de la Ciudad.
Fue Defensor General del MPD CABA entre 2007 y 2014, cargo desde el que contribuyó a fortalecer el servicio de Defensa Pública. Durante su gestión, se puso en vigencia la Ley N° 1.903 que reglamentó las garantías de autonomía y autarquía del Ministerio Público, consagradas en la Constitución de la Ciudad de Buenos Aires. Kestelboim trabajó constantemente con el objetivo de equiparar institucionalmente al MPD con las otras ramas del Ministerio Público.
En ese sentido desde su gestión, se desarrollaron acciones que luego constituyeron ejes de trabajo permanentes, entre otras: dotar de herramientas para la labor de Defensores y Defensoras y la de los y las trabajadores/as del Ministerio Público de la Defensa; la creación de equipos de trabajo multidisciplinario y con anclaje territorial que colaboran activamente con la tarea jurisdiccional para asegurar la calidad del servicio de defensa; el desarrollo de estrategias de intervención desde el primer momento de la detención de una persona en el ámbito de la Ciudad, el establecimiento de canales de diálogo con las personas y los grupos atendidos por el MPD; y la creación de espacios de debate en diferentes publicaciones —entre ellas, la Revista Institucional de la Defensa Pública de la CABA— para problematizar y difundir los temas de agenda institucional.
Desde el MPD, hoy se lo recuerda por su ardua labor como Defensor General en pos de lograr un servicio de Defensa Pública de calidad. En palabras de la Defensora General, Marcela Millán: “La vida y la trayectoria de Mario Kestelboim reflejan su integridad como persona, su compromiso con el ejercicio profesional, el respeto por el conocimiento y la pasión por la política como una herramienta de transformación popular y democrática”.